大部分的鱼都是靠鱼鳃呼吸的，当水流经过鱼鳃的时候，鳃丝内的血管可以和水完成气体交换。但是非洲的肺鱼可以用鱼鳔进行呼吸，使它在离水后也可以存活一段时间。
大多数鱼通过鳃呼吸。当水流经鳃时，鳃中的血管可以与水交换气体。然而，非洲的肺鱼可以用鱼鳔呼吸，所以离开水后还能存活一段时间。鱼的生命也需要氧气，所以鱼在水中交替开合嘴和鳃，使水流不断通过鳃，鳃从水中吸进氧气，将二氧化碳排入水中。因此，鱼通过鳃呼吸。
鱼吸水时，水中的氧气随着水从嘴里进去。当水通过鳃时，水中的氧气渗透到鳃的毛细血管中，但鳃只能分离水中的氧气，而不能分离空气中的氧气。只有肺能把氧气从空气中分离出来。
所以鱼在水里可以自由呼吸，但是在陆地上会窒息，有的鱼是靠皮肤呼吸的。比如弹涂鱼，可以通过皮肤和口腔黏膜呼吸，但要在干燥前回到水中。
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